Нет, не должен.

Обоснование. В соответствии с пп. 7 п. 2 ст. 149 НК РФ реализация услуг по перевозке пассажиров городским пассажирским транспортом общего пользования (за исключением такси, в том числе маршрутного) не подлежит обложению (освобождается от обложения) НДС. При этом в целях применения данной нормы к названным услугам относятся услуги по перевозке пассажиров по единым тарифам за проезд, установленным органами местного самоуправления, в том числе с предоставлением всех льгот на проезд, утвержденных в определенном порядке.

На основании п. 4 ст. 149 НК РФ в случае, если налогоплательщиком осуществляются операции, как подлежащие обложению НДС, так и не подлежащие обложению (освобождаемые от обложения), он обязан вести раздельный учет таких операций.

Согласно п. 4 ст. 170 НК РФ суммы НДС, предъявленные налогоплательщикам по товарам (работам, услугам), имущественным правам, используемым для осуществления как облагаемых налогом, так и освобождаемых от налогообложения операций, принимаются к вычету либо учитываются в их стоимости в той пропорции, в которой они используются для производства или реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых подлежат обложению либо освобождаются от обложения НДС, в порядке, установленном принятой налогоплательщиком учетной политикой для целей налогообложения, и с учетом особенностей, предусмотренных п. 4.1 ст. 170 НК РФ.

В соответствии с названной нормой пропорция определяется исходя из стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав, операции по реализации которых подлежат обложению НДС либо освобождены от налогообложения, в общей стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), переданных имущественных прав за налоговый период.

В силу положений п. 1 ст. 105.4 НК РФ при совершении налогоплательщиками сделок, в отношении которых предусмотрено регулирование цен посредством установления цены или согласования с уполномоченным органом исполнительной власти формулы цены, установления максимальных или минимальных предельных цен, надбавок к цене или скидок с цены либо посредством иных ограничений на рентабельность или прибыль в указанных сделках, цены таких сделок признаются рыночными для целей налогообложения с учетом особенностей, определенных данной нормой. Указанные особенности учитываются, если регулирование цен осуществляется в соответствии с законодательством РФ, актами Правительства РФ, законодательством субъектов РФ, муниципальными правовыми актами, нормативными правовыми актами уполномоченных органов, нормативными правовыми актами иностранных государств, а также международными договорами РФ.

Исходя из изложенного денежные средства, полученные в виде компенсации недополученных доходов при оказании услуг по перевозке пассажиров городским пассажирским транспортом общего пользования, освобождаемых от обложения НДС, учету при расчете вышеназванной пропорции не подлежат.

Такие разъяснения даны Минфином в Письме от 13.08.2014 N 03-07-11/40420.